De hervorming van het onderwijs in Nederland vanaf 1800 geldt als één van de grootste verdiensten van de Maatschappij tot Nut van ’t Algemeen. Reeds vanaf de oprichting in 1784 vormt de verbetering van het onderwijs een van de belangrijkste doelstellingen van het Nut.

De aandacht voor het onderwijs is voornamelijk geïnitieerd door Martinus Nieuwenhuijzen (1759-1793). Stelde Jan Nieuwenhuijzen (1724-1806) zich aanvankelijk met de nieuwe vereniging vooral voor de verspreiding van kennis te bevorderen onder de minvermogenden, reeds op de oprichtingsvergadering werd op aandringen van Martinus Nieuwhuyzen besloten aan die taak toe te voegen: “de verbetering van het schoolwezen en de opvoeding der jeugd, als de voornaamste grondslag zijnde ter vorming, verbetering en beschaving van den burger”. De geschiedenis van het Nut in de eerste jaren van zijn bestaan toont aan dat Jan Nieuwenhuijzens voornaamste streven om door de uitgave van geschriften op gemoedelijke en opvoedende wijze de volwassenen aan hun plichten te herinneren en hun geestelijk leven op hoger pijl te brengen, in zekere mate heeft moeten wijken voor de mening van zijn zoon, die de taak van het Nut in hoofdzaak zocht in onderwijs en opvoeding. Zo werden er prijsvragen uitgeschreven voor leermethodes voor taal en rekenen, werd er geïnvesteerd in de opleiding van onderwijzers en kwam er een plan voor een schoolbibliotheek (een serie boeken voor de gehele leerstof van de lagere school).

Dat de onderwijsvernieuwingen van Martinus Nieuwenhuijzen zoveel steun kregen, valt te verklaren uit de staat van het onderwijs in de 18e eeuw. Hoewel de grondslagen van het onderwijs (voorbereidend, lager, voortgezet en hoger onderwijs) aanwezig waren en er vrijwel overal gelegenheid was om onderwijs te ontvangen, was de toestand van het onderwijs in de tweede helft van de 18e eeuw verre van ideaal. De ijver van de 17e eeuw was verslapt, was ontaard, tot een soort van onverschilligheid. De taak, die staat en kerk ten opzichte van de school te vervullen hadden, werd slecht verricht. Schoolmeesters waren vaak onbekwame, zelden daartoe opgeleide functionarissen wier salaris louter bestond uit de schoolgelden, waardoor zij genoodzaakt waren tot tal van bijbaantjes om een redelijk loon te kunnen vergaren. De leermiddelen waren verouderd en vaak ongeschikt om de belangrijke basisvaardigheden van het lezen, schrijven en rekenen aan te leren. Schoolgebouwen verkeerden in slechte staat, kinderen werden onderwezen in te kleine en slecht geventileerde ruimtes. De tucht in de scholen was hard en ruw, het gebruik van straftuigen als bullepezen, riemen en de plak werd niet geschuwd. Kortom, het beeld van de 18e eeuwse scholen is verre van bevredigend. In diezelfde tijd kwamen echter nieuwe denkbeelden op over opvoeding, onderwijs en school. Kritische geesten begonnen vraagtekens te zetten bij de wijze waarop vooral het lager onderwijs was geregeld. Geïnspireerd door de ideeën van de Verlichting stelden ze dat het verstand - de rede of ratio - het belangrijkste bezit van de mens is en hem onderscheidt van de rest van de natuur. De rede is een bron van kennis; wie haar op de juiste wijze gebruikt kan goed en kwaad van elkaar onderscheiden en bijgevolg zelf beslissen wat hij moet doen of laten en wat van hem wordt verwacht. Een aantal verlichte filosofen zette zijn gedachten over een nieuw onderwijssysteem op papier. Onder hen de Engelsman John Locke en de Fransen Voltaire en Jean-Jacques Rousseau. Hun geschriften sterkten het inzicht dat goed onderwijs van grote betekenis is voor de hele maatschappij. Idealen van volksontwikkeling en volksverlichting werden met groeiend enthousiasme uitgesproken en verbreid.

Het uitroepen van de Bataafse Republiek (1795), waardoor Nederland een eenheidsstaat werd, maakte het mogelijk onderwijswetten uit te vaardigen voor het hele land. De Nationale vergadering benoemde in 1796 een commissie om een plan voor Nationaal onderwijs te ontwerpen. Het Hoofdbestuur van het Nut reageerde daarop door een voorstel in te dienen waarin het zijn denkbeelden over het Nationaal onderwijs uiteenzette. De totstandkoming van een nationale regeling verliep echter niet zonder moeite. Na de eerste schoolwetten van 1801 en 1803, kwam tenslotte de wet van 1806 tot stand, die wel niet geheel, maar toch in veel opzichten tegemoetkwam aan de wensen van het Nut. De wet werd verder uitgewerkt in verordeningen en onder Koning Willem I ook toepasselijk verklaard voor de Zuidelijke Nederlanden, waar tussen 1815 en 1830 ongeveer 1100 scholen werden opgericht. Gedurende een halve eeuw heeft deze wet ons onderwijs beheerst en maakte het voorgoed een einde aan de uiteenlopende, vaak tegenstrijdige en altijd volledig plaatselijke en provinciale verordeningen: de nieuwe schoolwet bracht een regeling voor het hele land. De belangrijkste bepalingen waren: lezen, schrijven, rekenen en Nederlands werden verplichte vakken; onderwijzers moesten voorgeschreven schoolboeken gebruiken, een toelatingsexamen doen en een bewijs van goed gedrag overleggen. Zeer verregaand was de bepaling dat voortaan klassikaal moest worden lesgegeven, daarmee kwam een einde aan het eeuwenoude hoofdelijke onderwijs, waarbij elke leerling individueel les kreeg. Omdat het onderwijs neutraal moest zijn, mocht geen godsdienstonderwijs meer worden gegeven.

Na 1815 openbaarde zich in België van Katholieke, en in Noord-Nederland van Katholieke en Protestante zijde, het eerste verzet tegen de “gemengde” (d.i. voor kinderen van alle gezindten toegankelijke) scholen. Men eiste vrijheid van onderwijs: het recht voor ieder die beantwoordde aan de eisen van bekwaamheid en zedelijkheid om een school op te richten waar het onderwijs kon worden gegeven in overeenstemming met de godsdienstige overtuiging van de ouders. Bij de grondwetswijziging van 1848 werd dit beginsel in onze wetgeving opgenomen: het onderwijs was vrij geworden behoudens het toezicht van de overheid op de bekwaamheid van de onderwijzer. Dit regeringsbesluit zorgde aanvankelijk voor veel zorgen binnen de gelederen van het Nut. Er ontstond de vrees dat veel godsdienstig gekleurde scholen zouden verrijzen, met mogelijk schadelijke gevolgen voor de kwaliteit en het christelijk beginsel van het onderwijs, d.w.z. de eerbiediging van ieders godsdienstige begrippen. Teneinde dit te voorkomen achtte het hoofdbestuur het noodzakelijk dat de staat zorgde voor openbaar onderwijs in alle gemeenten. In die zin heeft het Nut zich tot de regering gewend met het verzoek om een toevoeging van die strekking aan het grondwetsartikel van 1848, een streven dat zij uiteindelijk in 1857 beloond zag. Het Nut kon tevreden zijn: het door het Nut voor haar eigen scholen opgestelde programma, werd zo goed als geheel voor alle scholen voorgeschreven. De departementele scholen hadden hun taak volbracht, ze hadden model gestaan  voor de nieuw ontworpen wet. Op een paar uitzonderingen na werden de meeste Nutsscholen door de gemeentebesturen overgenomen.

Hoewel het Nut door de wet van 1857 van veel zware zorgen was ontheven, betekende het nog niet dat het de zaak van het onderwijs los liet. Het Nut ging verder door zich te richten op categorieën van het onderwijs die voor de wet van 1857 nog niet werden bereikt: het onderwijs in de nuttige handwerken, het herhalingsonderwijs en de opleiding voor onderwijzers. Ook ging het zich bemoeien met het Middelbaar onderwijs. Van de andere zorgen op onderwijsgebied vallen nog te vermelden de oprichting van verschillende ambachts- en avondtekenscholen, cursussen voor meisjes, het huishoudonderwijs, tal van kookcursussen en de oprichting van gymnastiekscholen. Een ander onderwerp dat het Nut in die tijd bezighield was de invoering van de leerplicht. Herhaaldelijk wendde het Nut zich tot de regering met het verzoek tot invoering van een leerplichtregeling. In 1901 werd deze lang gekoesterde wens van het Nut met de invoering van de leerplichtwet verwezenlijkt. In de jaren die volgden bleef het Nut zich – vanuit een onverflauwd geloof in de beginselen – sterk maken voor de bloei van het openbaar onderwijs. Nieuw was de aandacht voor cursussen voor wetenschappelijk onderwijs buiten de universiteiten. Het hoofdbestuur gaf sprekerslijsten uit en subsidieerde tal van locale comités voor dit doel. Om te voorzien in de kosten werd een Nieuwenhuijzenfonds voor onderwijs gesticht. De werkzaamheden voor het opzetten en subsidiëren van cursussen werden opgedragen aan een daartoe ingestelde commissie: de Nutscommissie voor onderwijs. Later is dit werk voortgezet door de allerwegen opgerichte volksuniversiteiten. Zowel ten opzichte van het hoger onderwijs als ten aanzien van de opleiding van onderwijzers is het werk van de Nutscommissie voortgezet in het bijzonder hoogleraarschap in de pedagogiek aan de Universiteit van Amsterdam en het daaraan verbonden Nutseminarium voor pedagogiek.

Door het Nut werd aan de Universiteit van Utrecht bij de faculteit der Sociale Wetenschappen tot voor kort een bijzondere leerstoel in stand gehouden voor onderwijs in de 'Geschiedenis van het Onderwijs'.